Son but est avant tout d’affiner l’eau en poussant l’épuration le plus loin possible à savoir éliminer les produits nutritifs (azote, phosphore) qui favorisent l’eutrophisation des cours d’eau récepteurs et du lac Léman. Ce traitement se combine avec le traitement biologique. On l’appelle la déphosphatation par floculation simultanée. On précipite les combinaisons de phosphore par adjonction de précipitant (chlorure ferrique) aux eaux arrivant à l’entrée des bassins d’aération. Par ce traitement, on retient dans les boues plus de 95% des phosphates dissous dans l’eau, tout en améliorant la qualité de l’eau traitée à la sortie de la Step.